Форум проєктувальників електричних та слабострумних мереж

В проекте зоны оповещения ограничиваються границами противопожарных зон.

Не думаю. Венткамеры - отдельный пожотсек, щитовые - тоже. Неужели в разных зонах оповещения? Не верю.
И вообще, лучше бы придерживаться логики исходного проекта на все здание. 

но как оказалось даже в исполниловке неправильно указаны трассы шлейфов о расположение комутационных коробок.

Ну, это не удивительно. Монтажники, как правило, ленятся отрисовывать реальные трассы. Если, конечно, сознательно не построены по данному вопросу. А проектировщику их, трассы, узнать практически неоткуда, чтоб внести соответствующие изменения в исполнительную.

Много ответвлений  от шлейфа т.е. контроль целостности шлейфа оповещения не реализован, оконечные резисторы не могут найти сами монтажники!!!

Это стоит заставить переделать, а то вся система будет испоганена.

Да еще и одной зоной оповещения охвачено два противопожарных отсека.

То, что несколько пожотсеков в одной зоне, не принципиально. Нормы такого не регламентируют.
ДСТУ-Н CEN/TS 54-14:2009
6.3.3 Зони оповіщування
Будь-який поділ на зони оповіщування треба виконувати відповідно до порядку дій у разі пожежної тривоги.

ДБН В.2.5-56
9.1.13 ... Зони оповіщення визначаються проектною організацією виходячи з умов забезпечення без¬печного евакуювання людей.

Основная задача - логика эвакуации.
У вас должен быть соблюден принцип существующей системы: персонал - отдельно, пассажиры - отдельно.

Вся беда в том что уже все смонтировано

Ну, тут уже Вам выкручиваться. Экспертизу проекта надо было требовать еще тогда.

А СПЗ даже не проходили испытания т.е. 100% уверенности что все работает нет.

Положим, это уже другая проблема. Экспертное заключение на проект в проверке работоспособности Вам никак не поможет. Проводите испытания.

настаивают что эта экспертиза перекрывает все тома проектной документации.

Настаивать они могут на чем угодно. Пусть пальцем покажут, где в экспертизе написано о пожарной сигнализации, оповещении, автоматике, дымоудалении, водяном пожаротушении. В экспертном заключении должны быть перечислены данные системы, как перечислены все остальные.
Попросите предоставить, а лучше, найдите у себя, стадию П и попросите пальцем показать где там СПЗ. Если есть, то все в порядке.
Как вариант, позвоните в экспертную организацию, попросите поднять заключение и спросите, подписались ли они в нем за СПЗ. Еще лучше, направить официальный запрос.
К слову, там в подписях есть фамилия Бушиленко. Это эксперт по пожарной безопасности. Можно поговорить лично с ним.

Кроме того, это стадия П. В 2013 году обязательную экспертизу должна была проходить и рабочка СПЗ (это сейчас можно спорить, а в 2013-м, нет). А без экспертизы организация и начинать монтаж права не имеет.

Эти документы - экспертное заключение на общестроительную стадию "Проект" реконструкции. В принципе, она должна включать противопожарную часть в части строительства и в части СПЗ.
С точки зрения норм, есть нюансы. В ДБН А.2.2-03:2013 в Приложениях нет состава стадии П, есть только "утверждаемая часть РП" (Приложение Д) и рабочка.  В п.Д.4 Приложения Д пожарка присутствует. Но формально получается, что состав П произвольный, поскольку нигде нет о том, что П и "утверждаемая часть РП" одно и то же.

В описании решений по строительству ничего по противопожарным решениям нет (пути эвакуации, огнестойкость конструкций и т.п.).
Из противопожарных систем в разделе "Инженерное обеспечение" "Канализация и водоснабжение" упоминаются только лишь внутренний противопожарный водопровод. В подразделе "Связь и сигнализация" полностью перечислены системы, которые были представлены для данной экспертизы. Там только безопасность. СПЗ там нет.
Но СПЗ могут быть выполнены не как часть строительного проекта, а отдельным проектом и получать отдельное экспертное заключение, причем, как по стадии П, так и по рабочке (либо одна стадия РП как для реконструкции). Так часто делают.
При сдаче в Акте проверки соответствия по ДБН В.2.5-56:2014 должны быть указаны реквизиты экспертного заключения. Данное заключение к СПЗ отношения не имеет. Значит, должно быть другое.
Требуйте.

А в связи с чем возник вопрос? Зная, проще ответить, поскольку есть неоднозначности.
Заключение 2013 года, работы, скорее всего, выполнены.